深圳地铁在一期工程建成初期，车站命名曾引起争议，原因就是站名不够大众化，不通俗。科学馆、大剧院知名度低，建筑陈旧，却作为繁华地区的地铁站名，为公众所诟病；深大站、高新园站、皇岗站的站名与实际位置不符，极易误导乘客。
曾有人大代表提出更名的提案，但由于改名成本高昂而未果，仅有皇岗站因实际位于福田口岸而改名。此外，部分车站命名并不符合实际依据，将工程名沿用或根据此地未来规划进行不恰当修改。现时，铁路公园站，前湾公园站等车站附近并不存在公园，相关配套设施仅处于规划期间。
在站名的建筑英文翻译方面，深圳地铁运营初期，各站英文名皆以每字的拼音拼合而成。如“科学馆站”站名翻译为“Ke Xue Guan”而非“Science Museum”。于是列车广播英文报站改用了汉语拼音加英语意译的方式，即“Ke Xue Guan, 翻译为 Science Museum”。然而，由于大运会的召开，深圳地铁已于2010年起，将所有英文站名改为意译，此举反响不一。反对者认为鉴于中国人对英语的认知水平较低，使用汉语拼音会让外国人问路更直接简单。比如说，一个外国人说“Science Museum”，一个不懂英语的市民来说根本不知道这个外国人说什么，但是如果这名外国人说“Ke Xue Guan”，即使发音不是那么标准，在一定程度上可以让别人知道这名外国人要去的地方，也在另一个方面简化了交流的方式。过度翻译的例子还有荔林站之“Litchi Orchards”，其英文命名为将中文逐字翻译。而此地为住宅区，并非是大片“荔枝林”。这类的过度翻译更可能误导外国乘客。
少部分车站的英文命名翻译与线网内其他线路语法不搭。例如高新南站，其初期的英文命名为“Hi-tech South”。其既不符车站命名原义（理想的命名应为Hi-Tech Park South），可能令不理解中文语义的乘客混淆，其更不符深圳地铁英文命名中的语法使用（1号线高新园站命名为Hi-Tech Park，而该站的t为小写）。深圳地铁在该站开通后将英文重新翻译为“Hi-Tech South”，标示牌和补丁在该站开通后才开始更换和张贴。而同期建设的5号线西延段的屏蔽门只是也出现类似问题，将“往黄贝岭”的地名漏了大写，付印为“To huangbeiling”。此外，深圳地铁旗下线路在标示方面很多用语均为机器翻译。